Остеопатия возникла во второй половине XIX века в США. Основоположником ее явился американский врач-хирург Эндрю Тэйлор Стилл (1828-1917).

Во время Гражданской войны, работая хирургом, Э.Т.Стилл всё чаще наталкивался на границы существующей медицины. Стилл видел, как умирали тысячи людей, а врач был беспомощен. В 1864 году эпидемия менингита унесла жизни четырёх членов его семьи, трое из них были детьми... Терзаемый душевными муками из-за беспомощности врачей, наблюдая за тем, как существовавшие в те времена лекарства приносили больше вреда, чем пользы, Стилл ищет новые подходы к здоровью человека. 

После продолжительного изучения строения и функционирования человеческого тела Стилл пришёл к выводу, что смещение позвонков нарушает работу рядом лежащих нервов, кровеносных и лимфатических сосудов и тем самым искажает работу ими кровоснабжаемых или иннервируемых органов и тканей. Восстановление же функции подвижности костей таза и позвоночника благотворно влияет на весь человеческий организм, позволяет включиться системам саморегуляции и восстановить утраченное здоровье.  В течение многих лет Стилл совершенствовал свой метод использования рук для запуска целительных процессов в теле пациента. С 1878 года он работал, используя только мануальные остеопатические способы лечения, полностью отказавшись от лекарств. 

Этому эффективному методу лечения Э.Т.Стилл дал название «остеопатия» (остео - кость, патио - патология, т.е. патология кости), тем самым  Э.Т.Стилл хотел подчеркнуть важность смещений, нарушений подвижности позвонков и костей таза в развитии различных заболеваний тела человека. Э.Т.Стилл  сформулировал основные принципы остеопатии и разработал комплекс специальных ручных приёмов диагностики и лечения целого ряда заболеваний.

Стилл создал первую остеопатическую школу в США и выдвинул постулат, который стал главной концепцией остеопатии: «Структура управляет функцией, функция определяет структуру», то есть организм - единое целое и необходим комплексный подход к лечению. 

Так родилась структуральная остеопатия.

Доктор Уильям Гарнер Сатерленд (1873-1954) был учеником доктора Стилла. Изучая суставы между костями черепа, он открыл принципы взаимного сочленения костей, обеспечивающие их скольжение (микроподвижность) относительно друг друга и пластичность. Дальнейшие исследования привели к признанию важности работы головного мозга, состояния костей черепа и внутримозговых мембран в работе всего организма. 

Так родилась краниосакральная остеопатия ( кранио - череп, сакрум - крестец, с позиции краниосакральной остеопатии череп и крестец связаны в функциональное единство через спинной мозг и твердую мозговую оболочку).

Позже, опираясь на свои открытия, доктор Сатерленд успешно лечил серьёзные нарушения у новорождённых (церебральные параличи, гидроцефалии). Очень часто он опровергал неутешительные прогнозы врачей и значительно улучшал качество жизни больных, приговорённых к жизни в специальных учреждениях.

По мере развития остеопатии всё больше практикующих остеопатов приходили к выводам, что связь между костями и внутренними органами обоюдная. Не только смещения позвонков приводят к поражениям органов, но и нарушения работы органов ( вследствии перенесённых инфекций, травм) влияют на состояние позвоночника. 

Так родилась висцеральная остеопатия (viscero - внутренности (лат.)), в развитие которой значительный вклад внёс французский остеопат Ж.П.Барраль. 

В 70-80-е годы XX века в СССР появилась возможность перенимать зарубежный опыт в различных областях медицины, что привело к возникновению ряда перспективных направлений в сфере здравоохранения, в их числе остеопатии.

Как метод остеопатия появилась в России с начала 90-х годов прошлого века.

В 1994 году в Санкт-Петербурге начала свою работу первая негосударственная остеопатическая школа (Русская Высшая Школа Остеопатической Медицины).

В 2000 году при содействии Свободного университета остеопатии (Франция) в Санкт-Петербургской медицинской академии последипломного образования был организован Учебно-научный остеопатический центр, который вскоре был переименован в Институт остеопатической медицины.

В 2003 году остеопатический метод лечения официально утвержден Министерством здравоохранения РФ (Методические рекомендации №2003/74 «Остеопатия», утвержденные Министерством здравоохранения РФ 29.10.2003).

В 2006 году на базе медицинского факультета Санкт-Петербургского государственного университета был открыт курс восстановительной медицины и остеопатии.